El pavoroso incendio de 1941 abrasó todo el interior de la iglesia alta, en consecuencia, la totalidad de los retablos menos uno y las imágenes actuales, o bien proceden de otras iglesias o son de nueva factura.
Según se entra en la iglesia, la primera capilla a mano derecha fue construida en 1624 por Fernando Herrera Calderón. La siguiente tiene la advocación de la Bien Aparecida, y la edificó don Juan Alvarado hacia 1604. La última de esta nave, estaba dedicada a la Virgen del Carmen; se concluyó en 1622 a cargo de Sebastián de la Puebla.
En el arranque de la girola, junto a la puerta de la sacristía, hay un pila marmórea circundada por poética inscripción árabe que, según la tradición, fue traída a la iglesia por los marinos cántabros conquistadores de Sevilla.
En alto sobre ella se encuentra una tribuna decorada con un fresco del pintor José Cataluña; representa la construcción de la vieja iglesia por el rey Fernando III el Santo, cuyo hijo y hermano de Alfonso X, el infante don Sancho, fue abad de esta iglesia.
La Capilla Mayor o presbiterio, de nueva construcción, está constituida por los elementos litúrgicos más destacados de la iglesia. El altar exento, cuyo relicario recoge la antigua inscripción de origen medieval Multa Corpora Sanctorum hic sepulta sunt ( Aquí están sepultados muchos cuerpos santos), que justificaba el nombre de la vieja Colegial de los Cuerpos Santos. La cátedra episcopal, razón de ser de la propia catedral.
El coro del cabildo de canónigos, procedente del monasterio de San Jerónimo el Real de Madrid. El retablo barroco que se trajo de Tamariz de Campos durante la última reconstrucción, al que se han añadido las imágenes actuales esculpidas por Alangua de la Virgen de la Asunción y de los Santos Emeterio y Celedonio, titulares de la Iglesia. En la girola hay sendos altares dedicados a Fernando III, el fundador, y a San Matías, apóstol a quien hizo voto la villa por su intercesión durante la terrible peste concluida en 1503. Rodean al cimborrio por el exterior las estatuas monumentales en piedra de los cuatro evangelistas, labradas por Villalobos.
En la nave del Norte, a la altura del crucero, se encuentra la tumba del polígrafo santanderino Marcelino Menéndez y Pelayo, obra del escultor Victorio Macho.
La siguiente capilla, volviendo hacia los pies de la iglesia, antiguamente llamada del Rosario, fue concluida por el proveedor de las armadas reales Fernando de la Riva Herrera, en 1628, y sobre su altar destaca el espléndido expositor de plata sobredorada, obra de maese Calvo de Burgos. Sobre la pared del fondo está la escultura orante del Obispo Sánchez de Castro, allí enterrado. Actualmente es la capilla donde está reservado el Sacramento.
A continuación hay otras dos capillas ocupando el espacio de los antiguos palacios abaciales. A los pies de la iglesia se encuentran: en primer lugar la capilla penitencial, anteriormente de San Matías; en la nave central hay una vieja pila bautismal procedente del pueblo de Colsa, en el valle de Cabuérniga, y, en fin, a la izquierda de la puerta, está la capilla fundada por Antonio de Azoños Escobedo en 1671, cuyo altar barroco cobija una buena copia de la Visitación de Rafael.
Todos los ventanales cuentan con vitrales contemporáneos de buena factura, dedicados a diversas advocaciones relacionadas con la historia del templo.
Según se entra en la iglesia, la primera capilla a mano derecha fue construida en 1624 por Fernando Herrera Calderón. La siguiente tiene la advocación de la Bien Aparecida, y la edificó don Juan Alvarado hacia 1604. La última de esta nave, estaba dedicada a la Virgen del Carmen; se concluyó en 1622 a cargo de Sebastián de la Puebla.
En el arranque de la girola, junto a la puerta de la sacristía, hay un pila marmórea circundada por poética inscripción árabe que, según la tradición, fue traída a la iglesia por los marinos cántabros conquistadores de Sevilla.
En alto sobre ella se encuentra una tribuna decorada con un fresco del pintor José Cataluña; representa la construcción de la vieja iglesia por el rey Fernando III el Santo, cuyo hijo y hermano de Alfonso X, el infante don Sancho, fue abad de esta iglesia.
La Capilla Mayor o presbiterio, de nueva construcción, está constituida por los elementos litúrgicos más destacados de la iglesia. El altar exento, cuyo relicario recoge la antigua inscripción de origen medieval Multa Corpora Sanctorum hic sepulta sunt ( Aquí están sepultados muchos cuerpos santos), que justificaba el nombre de la vieja Colegial de los Cuerpos Santos. La cátedra episcopal, razón de ser de la propia catedral.
El coro del cabildo de canónigos, procedente del monasterio de San Jerónimo el Real de Madrid. El retablo barroco que se trajo de Tamariz de Campos durante la última reconstrucción, al que se han añadido las imágenes actuales esculpidas por Alangua de la Virgen de la Asunción y de los Santos Emeterio y Celedonio, titulares de la Iglesia. En la girola hay sendos altares dedicados a Fernando III, el fundador, y a San Matías, apóstol a quien hizo voto la villa por su intercesión durante la terrible peste concluida en 1503. Rodean al cimborrio por el exterior las estatuas monumentales en piedra de los cuatro evangelistas, labradas por Villalobos.
En la nave del Norte, a la altura del crucero, se encuentra la tumba del polígrafo santanderino Marcelino Menéndez y Pelayo, obra del escultor Victorio Macho.
La siguiente capilla, volviendo hacia los pies de la iglesia, antiguamente llamada del Rosario, fue concluida por el proveedor de las armadas reales Fernando de la Riva Herrera, en 1628, y sobre su altar destaca el espléndido expositor de plata sobredorada, obra de maese Calvo de Burgos. Sobre la pared del fondo está la escultura orante del Obispo Sánchez de Castro, allí enterrado. Actualmente es la capilla donde está reservado el Sacramento.
A continuación hay otras dos capillas ocupando el espacio de los antiguos palacios abaciales. A los pies de la iglesia se encuentran: en primer lugar la capilla penitencial, anteriormente de San Matías; en la nave central hay una vieja pila bautismal procedente del pueblo de Colsa, en el valle de Cabuérniga, y, en fin, a la izquierda de la puerta, está la capilla fundada por Antonio de Azoños Escobedo en 1671, cuyo altar barroco cobija una buena copia de la Visitación de Rafael.
Todos los ventanales cuentan con vitrales contemporáneos de buena factura, dedicados a diversas advocaciones relacionadas con la historia del templo.