El inicio del proyecto hay que fecharlo en 1506 cuando cartujos de otras zonas de España promovían la construcción de una nueva cartuja y un visitador de la orden se dirigió a D. Gonzalo Fernandez de Córdoba, de sobrenombre, el Gran Capitán, residente en Granada a su vuelta de Nápoles. Este les cedió unos terrenos en una antigua finca de recreo árabe con idea incluso de ser enterrado allí, cosa que finalmente no ocurrió por desavenencias posteriores entre los monjes y Gonzalo Fernández de Córdoba.
Fue en el año 1545 cuando esta cartuja se incorporó definitivamente a la Orden, quedando notablemente dañada y disminuida en el siglo XIX por las guerras napoleónicas y la desamortización. Así desaparecieron el claustro mayor con las celdas de los monjes, talleres y cementerio, hoy podemos visitar el claustrillo con las salas para la discreta vida en común de monjes y legos (refectorio, salas de penitencia, sala capitular…) y la Iglesia y sacristía.
Como se ha mencionado, son estas zonas las más destacadas. La Iglesia con sus divisiones para fieles, legos y monjes está ricamente ornamentada con magníficos cuadros, frescos , muebles… del barroco andaluz, con un santa sanctorum, guardián de reliquias y las santas formas, situado tras el altar con baldaquinos, tallas y frescos de incalculable valor artístico. Como apoteosis final nos queda la sacristía, un capricho en mármol y estucos finamente tallados donde también destacan las cajoneras en taracea de una finura no igualada.
Algo que siempre nos llama la atención en este monumento es el contraste entre la simplicidad del claustrillo (con cuadros entre otros del conocido Sánchez Cotán) y la exuberancia decorativa de la Iglesia y Sacristía donde artistas barrocos como el mismo Cotán, Bocanegra, Hurtado Izquierdo, Luis Cabello o el lego Fray José Manuel Vázquez dieron rienda suelta a su imaginación y genio.