Salvada de la destrucción
El 7 de Agosto de 1936, los Pasionistas fueron expulsados del convento anexo a la Iglesia, siendo ésta totalmente desmantelada en cuanto a altares y vidrieras, y utilizando las imágenes, bancos, biblioteca y órgano como leña para calentar el salón de baile y dormitorio en el que se había convertido el templo.
Sin embargo, días antes de ese fatídico 7 de Agosto, la Virgen de la Amargura, al ser una imagen de vestir y fácilmente desmontable, fue guardada en una vivienda particular de la calle Madrid, librándose así de su destrucción. Curiosamente, a escasos metros de donde estuvo escondida, también se refugió Monseñor Eguino y Trecu, obispo de la diócesis por aquel entonces.
Terminada la guerra, fue restaurada por Daniel Alegre, autor del Cristo de la Buena Muerte que preside el presbiterio de la iglesia actual. Una vez acondicionada la iglesia, se proyectó un altar donde colocarla al culto para ser venerada por los fieles pero, los caprichos del destino cambiaron de nuevo el devenir de la historia, pues dicho altar quedó reducido a cenizas en el incendio de Santander en 1941, que arrasó el taller donde estaba siendo ultimado.