Los Trastámaras elegirán Santander como base naval de las sucesivas armadas que se organizaron. Allí se construyeron las Reales Atarazanas, edificios de grandes proporciones en el interior de la ría de Becedo, núcleo del viejo Santander, que permitía la construcción de galeras para las armadas reales, o la invernada de hasta ocho de ellas.
Desde Santander se organizaron expediciones como las de Ruy Díaz de Rojas, Ruiz de Avendaño, o los cántabros Hurtado de Mendoza y Pero Niño, primer conde de Buelna, quien atacó Plymouth, Portland y otras ciudades, y llegó a remontar con sus naves el Támesis. Seguramente el más importante de estos hechos fue la batalla de la Rochelle o Rochela en 1372.
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