Hay una tradición que vincula la fundación franciscana en el Portus Sancti Emetherii al paso, de ida o de vuelta, de Francisco en su peregrinación a Compostela. Consta documentalmente que los franciscanos estaban en el lugar hacia 1260. La fundación se hace fuera de las murallas de la villa en una antigua ermita dedicada a Sta. Mª Magdalena, próxima a la puerta de san Fernando, cerca de la fuente de Becedo, por el arroyo de la Mies del Valle. La comunidad pasó de la Conventualidad a la Observancia a principios del siglo XVI. Los hermanos han participado mucho en la vida de la población y han realizado una buena labor religioso-social en favor de enfermos, presos, moribundos y condenados a muerte. Han actuado también de capellanes y confesores de los dos monasterios de clarisas que había en la ciudad. Con frecuencia salían a predicar a numerosos pueblos comarcanos.
Reedificado y ampliado el convento en 1687, fue dotado de una capacidad de hasta 70 religiosos. En él pudieron estudiarse, ya desde el siglo XIV, artes, moral, gramática y teología. En 1836 tiene lugar la exclaustración, que marca el final de la comunidad. En 1936 es derribado el templo de san Francisco.
A los siete siglos de la primera fundación, los hermanos menores volvieron a la ciudad el 13 de mayo de 1956, instalándose en el popular y periférico barrio de Perines (travesía de Bustelo, hoy Mies del Valle); su labor preferente fue la de la catequesis, atención a los enfermos. En 1967 se inaugura el nuevo templo, que, en 1969 se erige en parroquia, con el título de Santa María de los Ángeles.
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