En el siglo XIV empezó a extenderse la peste negra por Europa, especialmente por Francia, Alemania, Flandes y las Islas Británicas. Fue traída a Europa por las pulgas que venían en las pieles procedentes de Asia y que eran portadoras del bacilo Yersin (Pasteurela pestis). Las pulgas pasaron a las ratas y la transmitían al picar a las personas.
La peste tiene diversas variantes, siendo la llamada peste negra una de las más extendidas por Europa. Se llama negra por las placas oscuras que salen en el cuerpo, además de voluminosos y purulentos tumores, también llamados bubones (por eso también es conocida como peste bubónica). Su propagación seguía las rutas comerciales de los siglos XIV y XV, resultando endémica la epidemia. En 1503 ya hubo una primera epidemia en Santander, y en 1596, el Rodamundo, un barco de la Armada Real procedente de Flandes trajo de nuevo la peste bubónica, que acabó con dos tercios de la población. De Santander se extendió por toda España.
Cuando se declaraba la peste en algún lugar, éste era aislado cerrando las puertas de las murallas e impidiendo la entrada y salida de personas, animales, mercancías, etc. En las casas contagiadas se tapiaban puertas y ventanas. La gente hacía todo lo posible para erradicar la peste: hogueras con plantas aromáticas, echar vinagre por las calles, quemar las ropas, enseres y casas de los afectados, etc.
Como los recursos médicos de la época eran muy rudimentarios y no solucionaban el problema, la gente acudía a la intervención divina suplicando la intercesión de los santos, ya que determinados santos tenían fama de ser eficaces en estos casos. En época medieval también era costumbre acudir primero a los santos patrones del lugar. El primer santo al que recurrieron las buenas gentes de Santander fue San Sebastián, que tenía una ermita dedicada en lo que actualmente es la cuesta de la Atalaya, ya que su intercesión curó la pestilencia que se desató en Lombardía en el siglo VIII. También se recurrió a San Roque, que cuidó a enfermos y apestados en el siglo XIV y era muy venerado por toda Europa.
Altar dedicado a San Matías en la girola de la Catedral
Pero viendo que la peste no remitía, los lugareños, desesperados, se dirigieron a los Doce Apóstoles, por ser los santos de mayor jerarquía, y esperaban que la Divina Providencia fuera quien designara al que habría de librarles de la peste. Para determinar a qué apóstol encomendarse, durante una misa mayor pusieron en el suelo doce velas del mismo tamaño, que fueron encendidas al mismo tiempo, delante de doce figuras que representaban a los Doce Apóstoles, mientras rezaban arrodillados delante de las mismas. Cuando se apagaron todas las velas menos una, se levantaron ansiosos por ver a qué apóstol correspondía la única vela que seguía encendida, siendo éste San Matías. En ese momento los lugareños, el Prior, el Cabildo y todas las autoridades se dirigieron a un altar en el que había una gran imagen de San Matías donde rezaron y adoptaron por unanimidad un solemne acuerdo con diversas cláusulas que dieron lugar al llamado Voto y Capitulaciones de San Matías.
Una de las cláusulas del Voto establece que ese año, y todos los años venideros, se celebrara una solemne procesión el día de la onomástica del Santo (14 de mayo) a la que estaban obligados a acudir todos los habitantes de la población. La procesión la abrían los Merinos (ejecutores de la justicia) de la villa. A continuación iba la gran Cruz procesional de plata seguida por el Clero, que portaba la imagen de San Matías y las reliquias de la Catedral, el Ayuntamiento y el pueblo llano, que portaba velas encendidas. La procesión recorría las calles y terminaba en la Catedral con una misa mayor.
En la actualidad se siguen celebrando la procesión y la misa, pero la procesión tiene lugar en el claustro de la Catedral.
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