El banco nació en Santander (entonces de Castilla la Vieja) de una unión de comerciantes, derivada del negocio de las exportaciones de trigo y cereales de Castilla la Vieja por el puerto de Santander, además de las importaciones de productos de América. Oficialmente, se creó como banco de emisión mediante un Real Decreto de fecha 15 de mayo de 1857, publicado en la Gaceta de Madrid el 24 de mayo siguiente, bajo el reinado de Isabel II de España y siendo Ministro de Hacienda don Manuel García Barzanallana, marqués de Barzanallana.
Sus promotores fueron seis personalidades del comercio de Santander: Jerónimo Roiz de la Parra, Juan de Abarca, Antonio Labat, Bonifacio Ferrer de la Vega, Antonio López-Dóriga Aguirre y Agustín G. Gutiérrez, ocupando la presidencia de turno el primero de ellos. Con la misma fecha fue nombrado para ocupar el cargo de Comisario Regio don Higinio Polanco.
Su capital social fue de cinco millones de reales de vellón (el equivalente hoy a unos 3,75 millones de euros). En principio operaba sólo en la provincia de Santander (hoy Cantabria) pero posteriormente se expandió por toda España comprando numerosos bancos.
Fue banco emisor de papel moneda hasta 1874, año en el que, por las medidas adoptadas por el ministro de Economía, José Echegaray, dicha actividad quedó reservada al Banco de España en exclusividad. El Banco de Santander aceptó en aquel momento la oferta de permanecer como banco comercial.
En 1874, el Gobierno establece la circulación fiduciaria única, otorgando la concesión exclusiva al Banco de España, perdiendo el Banco de Santander, por tanto, la facultad de emisión. Al perder esta facultad, el Banco sufre un serio revés, por lo que decidió crear una nueva sociedad anónima de crédito, continuadora de la anterior, formada por los mismos accionista y con el activo y pasivo del banco de emisión. Se constituyó el 14 de enero de 1875.
En 1909, llegó a la presidencia de la entidad Emilio Botín López, el primer miembro de esta familia que llegó a presidente. Era abuelo del expresidente Emilio Botín-Sanz de Sautuola y García de los Ríos y bisabuelo de la actual presidenta Ana Botín.
En 1923, comienza su expansión, limitada en un principio a la región. Pero en 1934, primero bajo la dirección general y luego bajo la presidencia de don Emilio Botín-Sanz de Sautuola y López, se producirá una extraordinaria expansión del Banco, acelerada en 1946 con la absorción del Banco Mercantil, entonces el de mayor número de sucursales en la región.
Posteriormente se produjo la absorción del Banco Continental, la Banca Jover y el Banco Comercial Español. En 1984, el Ministerio de Economía y Hacienda le adjudicó el Banco de Murcia y el Banco Comercial de Cataluña, como consecuencia de la reprivatización de los bancos del Grupo Rumasa, constituyéndose el grupo de Banco Santander.
En 1994 la adquisición del Banco Español de Crédito (Banesto) se convierte en un hecho histórico de gran trascendencia para la historia del Santander, ya que lo sitúa en la primera posición del mercado español.
En enero de 1999, Banco de Santander y el Banco Central Hispano (creado en 1991 por la fusión de los bancos Central e Hispanoamericano. Protagonizaron así la primera gran fusión bancaria en la Europa del euro, dando lugar a la mayor entidad financiera de España y líder en Iberoamérica.