Ya en pleno siglo XV se apoderaron de esta Abadía las poderosas casas montañesas de Mendoza y de la Vega, empuñando el báculo entre los años 1486 y 1538 varios abades de estos apellidos. Ya se conoce, por la descripción
de Braun, cómo estaba formado el núcleo urbano. «La casi única calle de la entonces pequeña villa-anota en su
Memoria sobre la Historia del crecimiento de la ciudad y de los estudios de su Urbanización y Ensanche el arquitecto municipal don Javier G. de Riancho (julio de 1921)-, era la que aún lleva el nombre de la Rúa Mayor, tirada de Este
a Oeste sobre el lomo de la colina, y que terminaba por Occidente en la puerta de San Nicolás. Todo este grupo
de viviendas de la Rúa Mayor, formaban la llamada Puebla Vieja, separada de la Puebla Nueva o Baja, por un
barranco por donde entraba el mar y cuyas márgenes servían de astilleros y atarazanas. La antigua ciudad estuvo, como casi todas las de la Edad Media, cerrada por un trozo de muralla que comenzaba en la margen Norte de
la bahía, frente a la llamada hoy Rampa de Sotileza, y se dirigía en sentido Norte …. Sur hasta las Atarazanas, en
cuya muralla se abrían hasta siete puertas… Las laderas Norte, Sur y saliente, estaban bañadas por las aguas de
la bahía que cubrían todos los terrenos en que actualmente asientan los barrios del Muelle, el llamado de Calderón
y el de Maliaño.»
