La Virgen del Puerto es Patrona de Santoña, del Arciprestazgo de Siete Villas y del Cabildo de Pescadores, cuya archicofradía lleva el nombre de ella. Se la conoce con los apelativos de la Virgen Marinera, la Morenuca, e Indiana y ostenta el titulo de capitana General. Ha sido y es muy venerada en toda la comarca.
La tradición afirma que la imagen de la Virgen del Puerto, que se venera en Santoña, fue llevada en el viaje del descubrimiento de América por Juan de la Cosa[2] y que la nao capitana recibió el nombre de Santa María por llevar a esta Virgen.
Se trata de una hermosa talla, aunque de escasas dimensiones, cuyas características hacen presumir que fue tallada entre los siglos XII y XIII (aspecto rígido, posición sentada sobre arqueta inclinada, expresión del rostro con ligera inclinación hacia la frente y una imperceptible sonrisa acusada por la mirada menos vaga y por la comisura de los labios, quedando en la boca un gesto gracioso, ojos grandes, niño sentado en las rodillas de la Virgen, apoyado en la mano y antebrazo de su madre, etc.).
La imagen está realizada en madera policromada, probablemente roble, midiendo aproximadamente unos 60 centímetros; responde al modelo de Virgen Majestad románica, sentada con el Niño Jesús, sentado a su vez en la rodilla izquierda, éste bendice con la mano derecha y con la izquierda sostiene la bola del mundo.
La imagen de la Virgen lleva en la mano derecha un farol de barco, muy posterior; las reproducciones y copias antiguas de imagen la representaban con una especie de vaso en dicha mano, que luego fue sustituido por el farol, simbólicamente para hacer alusión de ser guía y faro de los navegantes.
La imagen debe corresponder a fines del siglo XII o principios del siglo XIII, ya que en ella no hay rigidez alguna en el rostro, insinúa una sonrisa graciosa y suelta su larga cabellera oscura sobre la espalda, aparte que ni manos ni pies son alargados exageradamente como en otras imágenes y todos estos signos naturalistas nos indican una aproximación al gótico. La policromía del vestido de la Virgen es rojiza, mientras que la del Niño es azul, destacando la morenez de ambos rostros.
También existe una marcada peculiaridad de la imagen: ésta no es maciza, sino que su parte posterior a partir de la finalización de la cabellera está vaciada y con una pequeña peana, como una especie de sagrario, para guardar un cáliz con hostias y se cubría con una cortinilla, que hoy no se conserva, lo que hace que ésta sea una de las tres Vírgenes Sagrarios que se conservan en España. El artista es anónimo.