Fue construida en El Real Astillero de Guarnizo, bajo la dirección de Adriano Gassis para Don Juan Pombo, primer Marqués de Casa Pombo.
Se botó el 27 de noviembre del año 1871 imponente fragata, una de las más grandes construidas en España, con 1.118 toneladas de registro bruto, unas dos mil quinientas de desplazamiento y 200 pies de eslora.
Hizo su primer viaje a finales de febrero de 1872, con destino a Cuba regresando a Santander el jueves 8 de agosto de 1872.
Fue vendida en octubre de 1891 a unos armadores noruegos en 50.000 pesetas. La fragata fue transformada en corbeta antes o después de su venta, no se sabe con seguridad
La Don Juan, se perdió por varada, el 10 de diciembre de 1893 en Lemvig en la costa Oeste de Dinamarca en la playa de Thyboron, en viaje de Nueva York a Gotteborg, fueron rescatados tres tripulantes y murieron doce de ellos, entre los que figuraba su capitán B. Overgaard.
Fue un buque maravilloso en todos sus aspectos; la más perfecta obra de la arquitectura naval de nuestras riberas.