Al atardecer del día 10 de marzo de 1903 nace, en el seno de una familia católica. Fernando Huidobro Polanco. Su padre, José de Huidobro y Ortiz de la Torre, era de Santander, lo mismo que su madre, María Polanco y Bustamante, y procedían de familias muy vinculadas en la montaña, muy queridas y respetadas por todos. Él, ingeniero de minas, ejercía en la compañía Transatlántica. Su madre se dedicó por completo al cuidado y la educación de sus 9 hijos. De éstos nueve hermanos dos fueron ingenieros, dos militares muy destacados (uno de ellos, aviador, logró salvar la vida milagrosamente después de un accidente en la guerra), dos sacerdotes y dos hermanas que dedicaron su vida al servicio de Dios en las Religiosas Esclavas.
Fue bautizado a los 2 días de su nacimiento en la parroquia de la Anunciación. La casa natal del santo estaba frete a la Iglesia del Sagrado Corazón de los jesuitas y esto contribuyó a que la familia tuviera una especial predilección y afecto por esta Orden.
Fernando hizo su primera comunión el 23 de junio de 1911, en Melilla, a donde la familia se trasladó por ser destinado a esta plaza fuerte del Norte de África su padre por encargo del presidente de la compañía Transatlántica Marqués de Comillas, para dirigir la construcción del nuevo puerto en aquella ciudad principal del nuevo protectorado español.
En diciembre de 1911 abandonaron Melilla y se establecieron en Madrid. Una vez allí estudió en el colegio mangas o academia HispanoAmericana. Un día su madre fue al colegio para hablar con el director y éste le manifestó, además del merecimiento de las excelentes notas en sus estudios, sobresalientes y matrículas de honor que le hacían el mejor del colegio, las repetidas veces que Fernando se había dirigido al jefe de estudios para que no le pusieran a él siempre el primero, ya que sino los demás nunca podrían serlo.
Por este tiempo sobrevino a la familia un luto inesperado. A principios de septiembre de 1916 muere su padre. Para felicidad del recién fallecido y el consuelo de su familia, don josé vivía siempre preparado a presentarse delante de Dios a dar cuenta de su vida, tan enteramente dedicada a su servicio.
Un par de años antes de culminar sus estudios de bachiller, comenzó a comulgar semanalmente. Tal vez coincidió esta mayor insistencia en las prácticas de piedad con el fallecimiento de su padre, hecho que tan dolorosamente le afectó. Durante las vacaciones de 1917 trató bastante con los Padres Jesuitas de Santander, a quienes tan cercanos tenía en su Iglesia del Sagrado Corazón.
Llegó la Cuaresma de 1918. Cuatro meses más y Fernando obtendría el título de bachiller. Dos de sus hermanos mayores cursaban los estudios militares. ¿Sería éste su camino? Algunas veces así se lo imaginó. Antes de tomar una decisión de tan sin igual importancia para su vida entera, quiso, a fin de pensarlo mejor, hacer unos días de Ejercicios Espirituales de San Ignacio. Nunca los había hecho. Desde esa fecha ya comenzó a decir confidencialmente a su hermano Ignacio que pensaba hacerse jesuita. Para conocerlos mejor estudió el último curso en un colegio de esta Orden. De las tres matrículas obtenidas, en las tres asignaturas que tenía, una la alcanzó en circunstancias bien ingeniosas. El examinador le pregunta la teoría de Kant. Después de explicarla, su profesor lo elogia ante el examinador. Éste, va a puntuarle cuando Fernando le dice: Pues si ahora ustedes me lo permiten refutaré el sistema expuesto porque yo lo estimo falso. No tuvo más remedio, el examinador socialista, que darle matricula por defender de una manera tan brillante su posición.
Por fin el día 15 de octubre de 1919, después de suspender su carrera, parte hacía el noviciado de La Cartuja, en Granada. Al entrar en el noviciado, después de varias preguntas y argucias que le hizo uno de los maestros, acerca de su preferencia por la compañía, le dice Fernando: ¿Porqué entró usted jesuita? Y ahí se acabaron las preguntas.
Marcha enseguida hacia Burgos para comenzar sus estudios de teología. Empezaban los tiempos difíciles de la 2ª República. Un incendio que se produce en la madrugada destruye la casa de los jesuitas. Éstos se repiten en varias casas más. Aún no estaban repuestos de la pesadilla del último incendio cuando en enero del 32 se firma el decreto que disuelve la compañía de Jesús. Se les daba 10 días para abandonar las casas. Fernando parte hacia Bélgica y allí continua sus estudios.
En abril de 1933 sube al diaconado en la capilla de San Ignacio, en Holanda. El 28 de agosto del mismo año celebra su primera Misa acompañado de su madre, tres de sus hermanos (entre ellos Ignacio, que estaba en el noviciado) y un tío suyo.
A principios de 1936 hizo su retiro anual que terminó con la renovación de sus votos religiosos. Al salir de los ejercicios se encuentra con la muerte de Calvo Sotelo, a partir de ese momento las noticias corren y son seguidas con avidez en la radio. Quedaron incomunicados con el provincial que estaba en Madrid y entonces el P. Huidobro pidió al viceprovincial que le enviase a ejercer sus ministerios sacerdotales a España. Una vez tomada, en cuanto de él dependía, la decisión de ofrecerse, y después de mucho encomendar este asunto al Señor en la oración, ya en adelanté perseveró, sin vacilar un momento. Marcha hacia España y tiene su primer contacto con la guerra en el frente de Guadarrama. Allí estaba el padre Caballero que lo recibe con mucha alegría.. Marcha para Cáceres y allí se dirige al cuartel general de Franco para ofrecerse como capellán donde más lo necesiten. Es el mismo General quien le manda hacia Talavera para unirse a la legión como capellán de la 4º bandera.
Los principios son duros ya que su aspecto choca a los rudos soldados de la legión. “Menudo crío nos han traído”era la expresión cuando vieron al recién llegado. Fue tal su valor, ya en el primer combate, que los legionarios repetían igual frase, mas con un sentido bien distinto. Se ganó a todos los legionarios: los guiaba espiritualmente y los atendía en todo momento. Les leía las cartas de sus familiares a los analfabetos y hacía de escribano. En cualquier momento, aun en medio de las trincheras muy difíciles de vanguardia, se hacía el encontradizo con alguno de ellos y le exhortaba a la confesión.
Fue muy grande el cariño que le llegaron a profesar sus legionarios, quienes lloraban junto a su camilla cuando fue herido en la casa de Campo el 9 de noviembre de 1936. “Nunca se quiere tanto como junto a la muerte.”Una bala le perforó la pierna. Tenía una gran hemorragia y dispusieron que saliera en la primera ambulancia, pero él se negó en rotundo a abandonar a los demás heridos hasta que no viniese otro capellán. Le hicieron un torniquete y desde una silla desvencijada continuó su labor de asistir y consolar a los heridos. Finalmente fue trasladado al hospital de Griñón y más tarde al de Talavera de donde saldría la víspera de la Inmaculada para volver a unirse con sus legionarios.
El 5 de abril de 1937 y después de un retiro espiritual (de 4 días, por falta de más tiempo) realizaba el acto cumbre en su vida religiosa: la profesión solemne.
Seis días después, en la mañana del domingo 11,varias horas llevaba infatigable, el P. Huidobro en las trincheras más batidas de la Cuesta de las Perdices, donde las bajas eran incesantes. Después de varios intentos por que se retire del frente consiguen que vaya a atender a los heridos al hospital de campaña. A mediodía un obús ruso revienta en el hospital y el Pater muere en el acto. Desde ese momento el Padre Huidobro está en los Cielos, disfrutando de la Gloria Celestial, y desde allí recibe las súplicas de los que desde entonces piden su intercesión para superar las dificultades de la vida terrenal.