Contiguo a la Colegial, ‘este hospital debió nacer de la necesidad de alojar a los pobres o peregrinos enfermos que acudían a la iglesia. La misma situación lindante con el claustro y no estar alejado del núcleo urbano justifican por un lado su dependencia de las autoridades eclesiásticas y, por otro, su utilización como lugar de recogimiento de los desamparados.
Sobre él hemos encontrado alguna referencia indirecta en el siglo XVI y primer tercio del XVII. Así la cita que del mismo hace Juan de Castañeda en “Memorial de algunas antigüedades de la villa de Santander” (Simón Cabarga. Biografía de una ciudad, 1967- 8), en la que se precisa la existencia de un hospital, que es colateral con el claustro y que se llama Sancti Spiritu.
Por otra parte, el Arcipreste don Jerónimo de la Hoz (Los Santos Mártires. Santander, 1949-1969) transcribe el acta capitular de la iglesia de Santander, del 23 de febrero de 1624, a propósito de la comida de fraternidad que se celebra con motivo del día de los Santos Mártires, San Emeterio y San Celedonio:
“El día de los Santos Mártires, 3 de marzo, concurre mucha gente, vecinos y forasteros.En el Hospital de Santispiritus, adosado a los claustros de la Abadía, se reúnen a comer el Prior y Cabildo con los señores del Ayuntamiento en una mesa; en otra, los pobres de la villa,y en otra, los pobres del Hospital. Los mayordomos, para dar a todos una comida honesta, imponen a los Canónigos y regidores de la villa la cuota personal de seis reales”