Para mantener sus luchas con la Reina Isabel de Inglaterra y como base de las expediciones que partieran para la América del Norte, Felipe II necesitaba de algunos puertos en la costa norte de la Península y la experiencia demostró que de los de nuestra provincia, sin desdeñar el de Laredo, era Santander el más adecuado. Las flotas que en él se armaron o dieron fondo durante estos años son numerosísimas. Sin hacer mención de todas ellas consignaremos que allí fondeó la escuadra de más de treinta naves grandes que conducía a la Reina Ana, María de Austria, allí se recogieron los restos de la maltrecha «Invencible» y que en sus aguas se aparejó la del infortunado Adelantado de la Florida y otras de menor cuantía. Felipe II, como prudente, inició grandes mejoras no sólo encaminadas a facilitar la estancia en él de las naos, navios, galeras y galeazas grandes de que se componían las flotas que cuando amarraban a sus muelles quedaban dispuestas con tal angostura que «no podían entrar ni dejar ciarse las naos», sino también y principalmente aquellas mejoras fueron dirigidas a poner tales elementos a cubierto de los posibles ataques de sus enemigos. Debido a este interés del mismo soberano intervienen en la defensa de Santander los mejores ingenieros de la época, como Cristóbal de Rojas, Vespasiano Gonzaga y el célebre Fratín de universal reputación.