El maestro Juan Ezequiel Fernández fue el segundo responsable de la capilla de la catedral de Santander. La poca cantidad de datos que se cono cen llegan a través de los documentos de otras catedrales; de esta manera, se sabe que en 1783 se convocaron oposiciones para cubrir la vacante que dejaba Carrasquedo por su jubilación; se presentaron doce opositores, quedando Juan Ezequiel Fernández en primer lugar y Gaspar Schmidt en segundo. Permaneció en Santander hasta 1794, año en el que consiguió el magisterio de capilla de la catedral de León. Se conocen pocos datos acerca de su vida. Es probable que fuese natural de León. Antes de su llegada a Santander había opositado al magisterio de la catedral de Segovia en 1782. De su estancia en Santander, pocas cosas se conocen. Las Actas Capitulares reflejan la existencia de varios problemas con el cabildo; uno de ellos se debió al no cumplimiento de sus obligaciones como capellán. En otra ocasión fue advertido por el cabildo para que cumpliera con sus obligaciones con los niños del coro, pues solía descuidar su enseñanza. El 17 de mayo de 1793 el maestro Ezequiel presentó al cabildo un memorial pidiendo la admisión en la capilla de música del violinista Joaquín Jiménez. La propuesta fue aceptada y el nuevo músico ingresó como primer violín. Sin embargo esa decisión traerá de cabeza al cabildo y al maestro jubilado. Jiménez solicitó un préstamo de una cantidad de dinero considerable. Aunque en un primer momento el cabildo no accedió a tal concesión, le concedieron el préstamo siendo su fiador Juan Ezequiel Fernández. Meses más tarde, el maestro Ezequiel abandonó su puesto en Santander para trasladarse a León y Joaquín Jiménez, según parece, se trasladó a la ciudad de Bristol en Gran Bretaña. El préstamo quedó impagado y el cabildo instó a Juan Ezequiel Fernández, que ya era maestro de capilla de la catedral de León, a que hiciera frente al impago, cosa que no hizo. El violinista recomendado por Juan Ezequiel Fernández tuvo también varios problemas con Carrasquedo. Encargado éste de dirigir la capilla durante las ausencias del primer maestro, recurrió al cabildo ante la desobediencia habitual de Joaquín Jiménez que se resistía a seguir el compás que el maestro jubilado le marcaba. El díscolo violinista fue multado y exhortado a obedecer a Carrasquedo del que el cabildo decía sentirse «satisfecho por la experiencia de muchos años de su conducta y habilidad». Juan Ezequiel Fernández ni tan siquiera pidió permiso para ir a hacer oposición a León. Su estancia allí ocupó el primer cuarto del siglo XIX. Se desconoce cuánto tiempo estuvo al frente de la capilla leonesa y si este fue su último destino. La mayor parte de las obras de Juan Ezequiel Fernández se encuentran en la catedral de León -unas 80-. Las realizadas en Santander se perdieron, aunque hay referencias de que durante los años 1791 y 1792 compuso 58 obras. Existen obras en los archivos catedralicios de Tui, Palencia, Astorga y en el Santuario de Nuestra Señora de Aránzazu.
