D. Juan García fué abad antes del año de 1380. No hay otra memoria de este sujeto que la que dejaron los vigorosos esfuerzos con que en la era de 1418 se defendió contra D. Juan, hijo del Conde D. Tello, que se quería levantar por fuerza y a título de encomienda con los lugares de Berana, Azoños y Maoño, y contra D. Gonzalo Pérez, que, titulándose abad de Miera, intentaba apropiarse este lugar, con los de Balmoreda y Socabarga,. propios de esta iglesia.
No hay memoria alguna de los abades que sucedieron á éste hasta la de D. Juan de Ortega. D.Juan de Ortega era abad antes del año de 1506, y lo fué de Foncea en la Catedral de Burgos, y sacristán mayor de los Reyes Católicos, quienes, en atención, á sus méritos, le hicieron después primer obispo de Almería, con retención de la abadía de Santander. Murió en el año de 1515» y está enterrado en el Convento de Santa Dorotea de Canónigas Agustinas de Burgos, de quienes fué bienhechor.
Primer obispo de Almería tras la Reconquista. Posiblemente ya presentado por el Rey en mayo de 1490, si bien su preconización por el Papa Inocencio VIII figura con la misma fecha de la erección de la Catedral almeriense (21-V-1492). Miembro de la familia Cartagena, de ilustres judeo-conversos burgaleses, su primer nombramiento fue de provisor y administrador del hospital de Villafranca Montes de Oca, cargo que le concedió Enrique IV de Castilla. Prebendado en la Catedral de Burgos desde 1478, colaboró eficazmente en la constitución de la Santa Hermandad en todo el Reino, en la que llegó a alcanzar los cargos de contador mayor y diputado general; participó en diferentes acciones militares, tales como la toma de Álora en 1484 o en el asalto a Loja en 1486. El año 1487 marca uno de los hitos más importantes en su carrera, con su intervención en la toma de Vélez Málaga, cuya mezquita mayor mandó el Rey a Juan de Ortega “la fiziese alimpiar y ornar en la forma que convenía”. Por estas últimas fechas expidió el Papa una bula donde le titula deán de Jaén y sacristán mayor de los Reyes.
Juan de Ortega si bien no residió habitualmente en Almería, está documentada su estancia en diferentes ocasiones. Entre otras, en el primer pleito por el tema de la administración de las aguas de esta ciudad, hacia 1498, y también al tiempo de la conversión general de los mudéjares, en la que intervino personalmente, por lo que mereció la felicitación de la Reina (IV-1501). Su ausencia no le impidió dirigir los asuntos del obispado por medio de diferentes familiares, algunos ya nombrados racioneros en 1492. Cuestiones de jurisdicción territorial eclesiástica, de competencias en la reparación y construcción de templos se inician ya durante el mandato de este obispo. A este respecto, vemos que sostuvo pleito con el obispado de Cartagena, empeñado en anexionarse las vicarías de Vera y Purchena, entre otras. La mayoría de estas controversias tienen un fondo económico y de control político, especialmente después de las capitulaciones de la conversión general de los mudéjares. Así, las sostenidas con los señores temporales, tales como Pedro Fajardo, en el Marquesado de los Vélez, iniciadas en 1512 por el cobro del excusado y los habices. Igualmente, el pleito con el marqués de Villena, Diego López Pacheco, que desborda los aspectos económicos con la pretensión del derecho de patronato y presentación, circunstancia que le obligó a trasladar la acción judicial emprendida contra Diego a la propia reina Juana. En su testamento de 1512 acredita su adhesión y hasta intimidad con el Rey Católico “tragando muchas veces la muerte (…) procuré servir toda mi vida a su Alteza… mando que den a su Alteza dos sortijas mías” y manifiesta haber dotado a la iglesia almeriense con 27 memorias cada año, ornamentos, cruz de plata grande y cáliz. Está enterrado en el Real Monasterio de Santa Dorotea, de Burgos. En el primer cuerpo de su magnífico sepulcro destacan las armas del obispo: puente sobre río, con torre defensiva en medio; león atravesando la torre y enroscando la cola en un árbol a espaldas de la torre y delante otro árbol.
Nuestro personaje fue un hombre representativo de su tiempo. Educado conforme a las virtudes y miserias que condicionaban la sociedad de entonces, pero sin duda con formidables dotes organizativas y de mando. Las trazas que de su trayectoria vital hemos tenido la oportunidad de observar, le acercan más a la figura de un bizarro capitán que, por añadidura, era clérigo. Sus múltiples cargos y prebendas explican su ausencia de la diócesis almeriense y su permanencia en la ciudad de Burgos, a la sombra de su poderoso cabildo. Es posible que a tal ausencia coadyuvase también la desaparición de una figura tan relevante como el arzobispo de Granada, fray Hernando de Talavera, acaecida en 1507. Es decir, pocos años después del ruidoso proceso que sufrió acusado de judaizar. Tal acusación también recayó sobre nuestro obispo. La mano visible de toda esta trama fue la de Diego Luzero, a la sazón, Inquisidor de Córdoba -apodado Tenebrero, según Mártir de Anglería. Por ironías del destino, Luzero fue dignidad de maestrescuela en el cabildo catedralicio almeriense ya desde 1492.
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