Antiguamente se llamaba Isla de Mogro, tal como se recoge en documentos del siglo XVI guardados en los archivos municipal y provincial; no sería hasta el siglo XVIII, cuando un error de transcripción del cartógrafo Vicente Tofiño de San Miguel, daría como resultado que el nombre se variara hasta quedar en el nombre al actual de Isla de Mouro.
Durante el periodo de 1570 se pretendió realizar una construcción de un castillo en la isla, para proteger la entrada a la bahía; sin embargo al final el castillo se construyó en la cercana península de la Magdalena (el castillo de San Salvador de Hano).
En julio de 1812, durante la Guerra de la Independencia los ingleses, aliados de los españoles, capturaron la isla, desde donde abatieron con fuego granado las defensas costeras de la península de la Magdalena ocupadas por los franceses, logrando expulsarlos de ellas; esto permitió el desembarco de tropas españolas en El Sardinero.
El faro de la isla data del siglo XIX, durante el reinado de Isabel II. Estuvo ocupado hasta 1921 por dos fareros, que quedaban con frecuencia aislados por los temporales. En 1921 se procedió a la automatización del faro.
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